Tujuan Universitas Yudharta Pasuruan adalah terselenggaranya pendidikan, penelitian, dan pengabdian kepada masyarakat di bidang ilmu pengetahuan, teknologi, humaniora, dan seni yang berlandaskan nilai religius pluralistik. Selain itu, universitas juga menargetkan terjalinnya kerja sama dalam dan luar negeri serta terciptanya tata kelola dan pengembangan institusi yang profesional, berkelanjutan, dan tetap berlandaskan nilai religius pluralistik.